La estructura básica del lenguaje de programación de Arduino es bastante simple y se divide en dos partes, Setup y Loop. Estas dos partes necesarias, o funciones, encierran bloques que contienen declaraciones, estamentos o instrucciones.

1. void setup() //Primera Parte
2. {
3.   estamentos;
4. }
5. void loop() //Segunda Parte
6. {
7.   estamentos;
8. }

En donde setup() es la parte encargada de recoger la configuración y loop() es la que contiene el programa que se ejecutará cíclicamente (de ahí el término loop –bucle-). Ambas funciones son necesarias para que el programa trabaje.

La función de configuración (setup) debe contener la declaración de las variables. Es la primera función a ejecutar en el programa, se ejecuta sólo una vez, y se utiliza para configurar o inicializar pinMode (modo de trabajo de las E/S), configuración de la comunicación en serie y otras.

La función bucle (loop) siguiente contiene el código que se ejecutara continuamente (lectura de entradas, activación de salidas, etc) Esta función es el núcleo de todos los programas de Arduino y la que realiza la mayor parte del trabajo.

setup()
La función setup() se invoca una sola vez cuando el programa empieza. Se utiliza para inicializar los modos de trabajo de los pins, o el puerto serie. Debe ser incluido en un programa aunque no haya declaración que ejecutar. Así mismo se puede utilizar para establecer el estado inicial de las salidas de la placa.

1. void setup()
2. {
3.   pinMode(pin, OUTPUT); // configura el 'pin' como salida
4.   digitalWrite(pin, HIGH);  // pone el ‘pin’ en estado HIGH
5. }

loop()
Después de llamar a setup(), la función loop() hace precisamente lo que sugiere su nombre, se ejecuta de forma cíclica, lo que posibilita que el programa esté respondiendo continuamente ante los eventos que se produzcan en la placa.

1. void loop()
2. {
3. digitalWrite(pin, HIGH); // pone en uno (on, 5v) el 'pin'
4. delay(1000);                // espera un segundo (1000 ms)
5. digitalWrite(pin, LOW); // pone en cero (off, 0v.) el 'pin'
6. delay(1000);          
7. }

Fuente: Arduino